ביום ג', 1 ביולי 2003, החלה לפעול באופן רשמי חברת רכבת ישראל, שהופרדה מרשות הנמלים והרכבות לשעבר, זאת על-פי התיקון לחוק ההסדרים שעבר בכנסת בחודש דצמבר 2002 (אודות כך ראו כתבה בארכיון החדשות). הפיכת הרכבת לחברה התבצעה למרות שלא הושלמו הדיונים עם מנהל מקרקעי ישראל בנוגע להעברת הקרקעות שבשימוש הרכבת לבעלותה. על-פי משה ליאון, יו"ר חברת הרכבת, בפגישות שהיו בימים האחרונים עם החשב הכללי במשרד האוצר הוחלט לתת ארכה נוספת של 180 ימים בכדי לנסות ולהגיע להסכם בדבר שייכותם של נכסי הרכבת. לדבריו, ישנה הבנה בין הצדדים וניתן יהיה להגיע להסכם בדבר חלוקת הנכסים בין שניהם.
במסיבת עיתונאים שנערכה על-ידי שרי התחבורה והאוצר לרגל שינוי מעמדה של הרכבת, מסרו השרים כי חברת רכבת ישראל תגייס בכוחות עצמה סכום של 6.5 - 6 מיליארד ש"ח מתוך תקציב כולל של 20 מיליארד ש"ח ב-6 השנים הבאות. גיוס ההון יעשה באמצעות הנפקת אגרות חוב בערבות מדינה, ובמשרדי האוצר והתחבורה מעריכים כי לא יהיה כל קושי בגיוס הסכומים הללו.
שר האוצר, בנימין נתניהו, ציין כי בביקורו האחרון בארה"ב נוכח לדעת שהשווקים הכלכליים שם מגלים עניין רב בהשקעות בתשתית ובמיוחד ברכבות. הוא התייחס לשינוי מעמדה של הרכבת כמהפכה שתסייע לקירוב תושבי עיירות הפיתוח אל מקומות העבודה ובכך תבטל את המושג 'עיירות פיתוח' מעיקרו. נתניהו מאמין שאם בעיירות הפיתוח תהיה אוכלוסייה חזקה יותר, שתתאפשר בעזרת הרכבת, הדבר ימשוך לשם גם מקומות תעסוקה. לדבריו, רשת המסילות המתוכננת תקשר בתוך 4-5 שנים כל מקום ישוב שבו יש 50 אלף תושבים ומעלה.
שר התחבורה, אביגדור ליברמן, ציין כי כבר בשנת 2003 תוביל הרכבת כ-20 מיליון נוסעים, לעומת 2 מיליון נוסעים בשנת 1985. לדבריו, ההשקעה ברכבת נותנת למשק הלאומי תשואה גבוהה מאוד של 25-26 אחוזים.
תוכנית הפיתוח המאושרת של חברת הרכבת, המסתכמת, כאמור, בכ-20 מיליארד ש"ח, כולל בין היתר גם השעה של כ-2.5 מיליארד ש"ח ברכישת ציוד נייד חדש. תקציב הרכבת לשנת 2003 הוגדל מ-1.2 מיליארד ש"ח לכ-2.5 מיליארד ש"ח, מתוכם יגויסו 800 מליון ש"ח על-ידי חברת הרכבת. תקציב דומה מתוכנן גם לשנת 2004, כאשר 600 מיליון ש"ח מתוכו יגוייסו באופן עצמאי על-ידי הרכבת. חלוקת התקציב בארבע השנים הבאות תיעשה לפי 'סולם תשלומים' שנתי אולם לפי מנכ"ל הרכבת, יוסי שניר, אותו 'סולם תשלומים' הוא גמיש, ועשוי להשתנות בתאם להתקדמות הביצוע של הפרויקטים השונים. לדבריו, התוספת לתקציב הנוכחי תאפשר לרכבת להמשיך בביצוע פרויקטים שהוקפאו, כולל כאלו שפורסם מכרז ונבחר זוכה לביצועם, בהיקף כולל של כמיליארד ש"ח. דוגמאות לפרויקטים כאלו כוללות את הכפלת המסילה בין אשדוד ואשקלון והקמת תחנת אשקלון, וכן שדרוג המסילה בין באר שבע לדימונה.
בין ההשקעות הנוספות שתתאפשרנה בזכות התקציבים הללו נכללים הפרויקטים המתוכננים הבאים:
בתום ההשקעות בשש השנים הקרובות אמור אורך הכולל של קווי הרכבת בארץ לעלות מ-700 ק"מ לכ-1100 ק"מ.
טבלת השקעות המתוכננות ברכבת ישראל בשש השנים הקרובות, כולל כאלו הנמצאות בביצוע וכאלו שביצוען הסתיים השנה.
מתוך עיתון 'הארץ'
הדיונים בין רכבת ישראל למינהל מקרקעי ישראל בנוגע לעתיד קרקעות הרכבת לא הניבו עדיין תוצאות, כאמור, ולפיכך קיבלו הארכה של כחצי שנה. כזכור, במידה ולא יגיעו הצדדים להסכמה, יעברו כל הקרקעות שסומנו כבשימוש הרכבת לבעלותה. הנוסחה המתגבשת כעת להסדרת השינוי קובעת כי חברת הרכבת תקבל לרשותה את כל השטחים התפעוליים וכן יחידות לשימוש מסחרי עד לגודל 1500 מ"ר, ולשלם עבורה חלק מסוים מערכם.
רשות הנמלים פרסמה בעיתונות מודעות המברכת את רכבת ישראל בהפרדותה ממנה ומאחלת לחברה החדשה הצלחה בהמשך הדרך. במודעה מוזכרים הישגיה הרבים של הרכבת במהלך 15 השנים בה השתייכה לרשות הנמלים והרכבות, וכן ההון הרב שהושקע בה. כזכור, דורשת רשות הנמלים מהמדינה פיצוי של כ-5 מיליארד ש"ח בעבור השקעותיה ברכבת ישראל בזמן שהיתה חלק ממנה, אולם כעת מסתמן כי הרשות תקבל פיצוי בסכום נמוך יותר.
