יו"ר דירקטריון רכבת ישראל, משה לאון, הודיע ב-8 ביולי למנכ"ל הרכבת, יוסי שניר, כי כהונתו תופסק וכי מנהל אחר ימונה במקומו. הנימוק הרשמי לפיטוריו של שניר לפני תום החוזה בן 5 השנים עימו היה חוסר שביעות רצון מתפקודו, אולם באמצעי התקשורת נטען כי מדובר בהחלטה של שר התחבורה, אביגדור ליברמן, המעונין להכניס לתפקיד אדם המקורב אליו. דוברו של השר מסר בתגובה כי השר שוהה כעת בחו"ל וכי הרכבת היא חברה העצמאית שההחלטות בה מתקבלות בדירקטריון ללא התערבות השר.
מנכ"ל הרכבת המפוטר, יוסי שניר, מסביר לשר התחבורה דאז, שסייע למינויו, אפרים סנה, את התוכניות להרחבת תחנת תל אביב ההגנה בטקס החנוכה שלה.
צילום ארכיון - חן מלינג, 25 ביוני 2002
כזכור, מינויו לתפקיד של שניר בסוף שנת 2001 גם הוא היה מלווה בסערה תקשורתית עקב הדחתו של עמוס עוזאני, המנכ"ל הקודם שיה מזוהה עם מפלגת הליכוד, לטובת הכנסתו לתפקיד של שניר, המזוהה עם מפלגת העבודה ועם שר התחבורה דאז, אפרים סנה. במקומון 'זמן מקומי ראשון' התפרסם ראיון עם המנכ"ל המפוטר, בו הוא מסביר כי יישאר בתפקיד עד למינויו של מחליף והשלמת תהליף חפיפתו, וכי הוא עוזב בלב שלם. לעומת זאת, בעיתון 'גלובס' מסופר כי שניר פנה ללאון בדרישה לחזור בו מהכוונה לפטרו, זאת בטענה שלא קיימת עילה מספקת לבטל את החוזה עימו לפני השלמתו. שניר גם טוען שכיו"ר חדש בתפקידו, אל ללאון להחליט החלטות כבדות משקל, במיוחד על רקע פוליטי. עוד הוסיף שניר כי טענת לאון כאילו ההחלטה תואמה עם דירקטריון הרכבת אינה נכונה מכיוון שחלק מחברי הדירקטריון לא נשאלו כלל לדעתם על ההחלטה לפטרו לפני שהודיע לו לאון על כך.