עיריית ירושלים דורשת מרכבת ישראל להפסיק לאלתר את עבודות שדרוג קו הרכבת הישן בקטע בתחומי העיר, בתואנה כי הן מתבצעות ללא היתר. לדברי מנהל המחלקה לפיקוח על הבנייה, מיכה בן-נון, בניית קירות התמך בנחל רפאים נעשית ללא היתר ובניגוד להוראות הנהוגות בירושלים. הוא מוסיף גם כי פנה אליו נציג רשות הטבע והגנים הלאומיים, זאב הכהן, בטענה, כי בניגוד לסיכום מראש, רכבת ישראל אינה משקמת את פגעי הנוף שנוצרו במהלך העבודות בנחל רפאים, וזאת מסיבות תקציביות. השיקום אמור לכלול חיפוי בציפוי אבן של קירות התמך.
בעניין דרישת העירייה להפסקת העבודות נמסר מרכבת ישראל כי היא מפתיעה גם בשל שהוצגה חודשים רבים לאחר תחילת העבודות וגם מפני שחוק התכנון והבנייה קובע שעבודות סלילת דרך של רשות הפועלת מטעם המדינה פטורה מהוצאת היתר בנייה. עוד נמסר כי מנכ"ל הרכבת, יוסי שניר, צפוי להפגש עם מנכ"ל רשות הטבע והגנים הלאומיים על מנת להגיע להסדר בעניין שיקום הנוף.