ביום ג', 26 באוגוסט 2003, הגיעה רכבת הנוסעים הראשונה לתחנת בית שמש מאז נסגר הקו לירושלים באמצע שנת 1998. הרכבת המיוחדת, שהופעלה גם לתחנת הראשונים החדשה, יצאה בשעות הצהריים מתל אביב וזכתה למספר התפעולי 8999. היא הורכבה ממערך קרונועי IC3 בודד, מספר 22, והובילה את נהגי הרכבת ובכירי הההנהלה כנסיעת היכרות ראשונית עם הקווים והתחנות החדשים, שיופעלו במוצאי שבת ה-13 בספטמבר.
לקראת פתיחת הקווים החדשים, הובעה בעיתונות תרעומת על כי מחיר הנסיעה ברכבת בין תל אביב לתחנת הראשונים יהיה 12.5 ש"ח, לעומת 8.3 ש"ח בקו האוטובוס של 'אגד'. עם זאת, למרות המחיר הגבוה יותר, תנועת הנוסעים הצפויה בקו היא כ-1.2 מליון בשנת ההפעלה הראשונה, בהתבסס על רכבת בודדת בכל שעה בכל כיוון. מרכבת ישראל נמסר גם כי הנסיעה באוטובוס הינה עד לתחנה המרכזית החדשה, בסמוך תחנת רכבת ההגנה שבדרום תל אביב, בעוד שכרטיס הנסיעה ברכבת תקף גם לשאר תחנות הרכבת בתל אביב.