בשעות הערב של יום א', 21 בספטמבר, נגרם נתק בכבלי התקשורת של הרכבת בין בית יהושע לשפיים. בעקבות כך קרסה מערכת האיתות של רכבת ישראל והרכבת נאלצה להפעיל את הרכבות בשיטת ההולכה הידנית, עובדה שגרמה לאיחורים כבדים ברחבי המערכת, העמוסה ממילא בשעות שיא אלו. הסיבה לנתק עדיין לא ידועה, והנסיבות לו נמצאות בבדיקת הרכבת.
גם ביום ב', 29 בספטמבר, שהיה יום החול הראשון לאחר ראש השנה גרמה תקלה טכנית לשיבושים רבים. סדרת תקלות שאירעו ברכבת 103 (נהריה 06:33 - באר שבע מרכז) בשעות הבוקר של אותו היום הביאו לאיחורים משמעותיים לרכבות רבות ברחבי המערכת של רכבת ישראל. ההשפעה על השירות היתה חמורה במיוחד היום ומבחינת עומס הנוסעים, היה יום זה מקביל לימי ראשון, העמוסים ביותר ברכבת. למרות שלקראת הצהריים עדיין הגיעו רכבות מסוימות ליעדיהן באיחורים של חצי שעה ויותר, עד לשעות אחר הצהריים המוקדמות כבר הוחזר הסדר התפעולי ומרבית הרכבות נסעו בהתאם ללוח הזמנים.
בחזרה בקו החזית - קטר מספר 122 מדגם G12 לאחר הגעה (באיחור של כ-40 דקות) לתחנת נהריה עם רכבת 148 (תל אביב ההגנה 09:11 - נהריה) המורכבת מעשרה קרונות גרורי קטר, מתוכם שישה 'יוגוסלביים', שניים מתוצרת 'אסלינגן', אחד 'צרפתי' ואחד 'יוגוסלבי' נוסף כקרון כח בקצה הדרומי של הרכבת.
צילום המחשה: חן מלינג, 29 בספטמבר 2003
המצב התפעולי החריג הביא למספר מקרים יוצאי דופן של שיבוץ ציוד נייד ברכבות הנוסעים. לפחות אחת מרכבות הנוסעים הבין עירוניות, רכבת 148 (תל אביב ההגנה 09:11 - נהריה), שהורכבה ממערך מלא של קרונות גרורי קטר (תשעה קרונות רגילים וקרון כח) הובלה על-ידי קטר מספר 122 מדגם G12 בדרכה צפונה לנהריה, התרחשות חריגה למדי בימים אלו של שליטה מוחלטת כמעט של קטרים מדגם JT42BW ושל קרונועים ברכבות אלו. קטר מהדגם החדש יותר אמנם החליף את ה-G12 לאחר הגעתו לתחנת נהריה, אולם קטר נוסף מדגם JT42BW, מספר 752, נצפה בהמשך היום בקצהו הדרומי של מערך קרונות גרורי קטר מקוצר בשירות 'פרברית חיפה והצפון' אשר בקצהו השני הוצב קטר מספר 116 מדגם G12 - זוהי הפעם המדווחת הראשונה של שילוב כזה בין סוגי ציוד מניע ברכבת נוסעים בשירות ציבורי בארץ.
ראוי לציין כי במהלך פרק הזמן בו חלו העיכובים בתנועת הרכבות, ניכר היה כי רק מעטים מהנוסעים שהושפעו ניצלו את זכותם לקבל זיכוי בעבור כרטיסים עקב איחורים של מעל לחצי שעה בהגעת הרכבת.
