לפני מספר חודשים התגלו מספר קברים מהתקופה הביזנטי בעת ביצוע עבודות עפר עבור תוואי קו הרכבת למודיעין באיזור בן שמן. באתר, שנמצא כחצי קילומטר מערבית לכביש מספר 1, נמצאו גם מערות קבורה ובתיאום עם משרד הדתות החלו עבודות לחשיפה מלאה שלהן. בעקבות הגילוי החליט משרד הדתות שאין להזיז את הקברים ממקומם, ודרש מהרכבת למצוא פתרון הנדסי להעתקת תוואי המסילה.
בסופו של דבר הוחלט, בהסכמת משרד הדתות, להקים במקום מנהרת רכבת מתחת לקברים, בתוספת לעלות הפרויקט של כמעט 60 מליון ש"ח. בנוסף לתוספת העלות, תגרום העבודה הנוספת גם לדחיית המועד המתוכנן של פתיחת הקו מאמצע שנת 2006 לסופה. לפי מנכ"ל רכבת ישראל, יוסי מור, יימשכו העבודות להקמת הקו במקביל משני קצות הקטע שימונהר, בכדי לצמצם את העיכוב לפרויקט.
תוספת עלות נוספת לפרויקט בחודשים האחרונים נובעת מהחלטת המועצה הארצית לתכנון ולבנייה שיש להאריך משמעותית את גשרים מספר 9 ומספר 10 בקו, באיזור נחל האיילון. הארכת הגשרים ל-165 ו-115 מטר, בהתאמה, תגדיל את עלות הפרויקט בכ-12 מליון ש"ח.