רכבת ישראל החליטה על שינוי המבנה הארגוני של החברה והקמת שתי חטיבות חדשות. פעילות התכנון והפיתוח במנהלת פרויקט החומש החדשה תהיה אחראית על ניהול ויישום תוכנית החומש לפיתוח רשת המסילות. בנוסף, תוקם חטיבת סחר ונכסים, שתעסוק בסחר והשכרת נכסי הרכבת במטרה להגדיל את רווחי הרכבת ואת מקורות ההכנסה תוך כדי ייזום רעיונות ופעילויות ויצירת שיתופי פעולה מסחריים.
השינוי הארגוני מבוסס על תפיסה ניהולית לפיה ברכבת תפעלנה שלוש יחידות עסקיות מכוונות רווח ושרות - נוסעים, מטענים וסחר ונכסים. לדברי משה ליאון, יו"ר דירקטוריון הרכבת, השינוי נועד לאפשר לרכבת לעמוד במשימות הלאומיות והכלכליות שעומדות בפניה. הוא מציין שרכבת ישראל מבקשת להתנהל כגוף עסקי השואף לפעול על-פי קריטריונים עסקיים וכלכליים תוך הגברת איכות השירות והמבנה החדש יאפשר לה ליישם את תוכנית החומש בצורה יעילה תוך עמידה בלוחות זמנים ובקרה שוטפת.
ההמלצות לשינוי באו בעקבות עבודה מקיפה של חברת "קו פרויקט" יועצים לניהול, המתמחה בייעוץ וליווי ניהול שינויים בארגונים, שתלווה את יישומם במהלך השנה הקרובה.