בהחלטתה קבעה הודעה גם שעל הרכבת להציג פתרונות חלופיים למנהרת הגישה, שייתחשבו באיזור ובערכי השמירה על הסביבה.
מנהרת הגישה הוצעה כפתרון לזירוז הקמת הקו מכיוון שתאפשר את חציבת מנהרת הרכבת הארוכה מתחת להר הרוח (יותר מ-11 ק"מ של מנהרת רכבת כפולה) בארבעה מוקדים בו זמנית במקום שניים בתכנון המקורי. המנהרה אמורה היתה לקשר את מנהרת הרכבת דרומה לכיוון פתח בעמק נחל יתלה, ולטענת הרכבת תוכל לשמש לאחר השלמת הקו כמנהרת חילוץ במידת הצורך.
את כמויות העפר הגדולות שאמורות היו לצאת דרך מנהרת הגישה תכננה הרכבת לפנות באמצעות מסוע גדול מפתחה הדרומי לשטח איסוף ופינוי בעמק הנחל, משם יובלו העפר והסלעים באמצעות משאיות לאתרי הטמנה או שימוש נוסף.
מובילי ההתנגדות לתוכנית היו אנשי הישוב יד השמונה, שנמצא בסמוך לפתח המתוכנן של מנהרת הגישה. הללו טענו כי העבודות הדרושות במסגרת הפרויקט ייצרו נזק סביבתי בלתי הפיך וייפגעו באופן אנוש בכלכלת היישוב שמתבססת על תיירות. גם הגופים הירוקים, ובראשם החברה להגנת הטבע, מתנגדים להקמת מנהרת הגישה ומסתמכים בטיעוניהם על ביצועיה הלקויים, לדעתם, של רכבת ישראל בתחום השמירה על הסביבה בפרויקט שדרוג הקו לירושלים.
בתגובה לטענות המתנגדים הסבירו נציגי רכבת ישראל שהרכבת פועלת לפי הנחיות גופי התכנון תוך התחשבות מירבית בדרישות השמירה על הסביבה. הרכבת הציעה פתרונות לטיפול בעודפי העפר, וטוענת שתחייב את קבלניה לפעול באופן שיקטין את המפגעים לתושבים ולסביבה.