על פי פרסום העיתון 'גלובס', בבדיקות של תוכנית הפיתוח של רכבת ישראל שערכה חברת Parsons Brinckerhoff (שמוכרת בקיצור PB) עבור משרד האוצר (אודותיה ראו כתבה בארכיון החדשות ) התברר שעלות יישום התוכנית עלול להיות יקר בכ-1.7 מיליארד ש"ח ביחס לתכנון המקורי של תוכנית החומש הנוכחית. החברה האמריקאית מצאה שהתכנון ואומדני העלות של התוכנית לקויים, ולפיה הדו"ח ישנם כשלים גם ברכש הציוד ברכבת ישראל. לאחר שהציגה מסקנותיה לרכבת ישראל ובדקה את טענתה של הרכבת לפיהן הפער הוא של 680 מליון ש"ח, צמצמה PB את הערכת הפער לכ-1.2 מיליארד ש"ח.
אחד הסעיפים הבולטים בפערים המוצגים בדוחות PB הוא מרכיב ההוצאות הבלתי הצפויות שמתוקצב בכל פרויקט. החברה מציעה להגדיל את שיעור סעיף זה (שמכונה בקיצור 'בצ"מ') ל-15% מעלות הפרויקט בשלב התכנון הראשוני, 10% בשלב התכנון המפורט ו-7.5% בשלב ביצוע הפרויקט.
בכדי להתמודד עם הפער צפויה רכבת ישראל לבטל את הקמת תחנת ראשון לציון מערב והשלוחה אליה מקו החוף הדרומי החדש ולקצץ 125 מליון ש"ח מתקציב פיתוח תשתיות המטענים וכ-76 מליון ש"ח מתקציב פרויקט החשמול.
רכבת ישראל סירבה להגיב לפרסום בהסבר שמדובר עדיין בטיוטת דו"ח הביקורת ושהוא עדיין בדיונים בין הרככבת לממשלה.
לאחרונה פורסם במוסף 'The Marker' של העיתון 'הארץ' שעל-פי מקורות בענף התחבורה עלות הקמת הקו החדש לירושלים (קטע דניאל-ירושלים של תוואי A1) עלולה להיות כפולה מההערכה שפרסמה רכבת ישראל, ולהגיע ל-6-7 מיליארד ש"ח. לטענת אותם מקורות, הסיבה לשינוי בהערכת העלות הוא הערכה שכריית המנהרות הרבות והארוכות הדרושות לקו תהיה יקרה ומסובכת מהצפוי. רכבת ישראל הכחישה בתקיפות את טענת השינוי בעלויות והדגישה שהערכת עלות הפרויקט היא עדיין כ-3.5 מיליארד ש"ח ושהאומדנים הוכנו על סמך מדידות וחישובים שנבדקו בארץ ובחו"ל. הרכבת ציינה גם שבבדיקת חברת PB לא נמצאו חריגות בהערכת עלות הפרויקט.