סכסוך בין רכבת ישראל חברת 'לינום' הביא להפסקת עבודותיה של החברה הקבלנית בהקמת המנהרה מתחת לקברים בקו למודיעין.
הקמת המנהרה (ולמעשה, שתי מנהרות אחת אחרי השנייה), שלא נכללה בתכנון הפרויקט, נדרשה בשל גילוי קברים לאורך התוואי. חברת 'לינום' זכתה במכרז הרכבת להקמתה לפני מספר חודשים עם הצעה של 67 מליון ש"ח. כחודש וחצי לאחר תחילת העבודות, הודיעה 'לינום' לרכבת ישראל שלא תוכל לעמוד בתנאי המכרז, הדורשים את השלמת העבודות תוך 12 חודשים מתחילת העבודה, וכן דרשה תוספת תקציב של כ-25 מליון ש"ח, לטענתה בהתאם לתנאי המכרז שקבעו שהביצוע יותאם לתנאי הקרקע כפי שיתבררו בשטח.
בתגובה הודיעה רכבת ישראל ל-'לינום' שמדובר בהפרה יסודית של החוזה, ולאחר דיון בין נציגי שתי החברות החליטה הרכבת לבטל אותו ולחלט את הערבויות שהפקידה 'לינום' עם תחילת העבודות, בסך 5 מליון ש"ח. בתגובה להחלטת הרכבת הודיעה חברת 'לינום' כי היא מתכוונת לפנות בנושא לבית המשפט, בטענה שהרכבת נהגה באופן בלתי חוקי ותמוה ושלא ייתכן להשלים את העבודות לפי תנאי המכרז שהציגה הרכבת.