במוצאי שבת, ה-28 באוקטובר, צפוי להכנס לתוקפו לוח הזמנים החדש של רכבת ישראל, שמכונה 'לוח זמנים סתיו 2006'. בתכנון המקורי של הרכבת, היה אמור לוח הזמנים להיכנס לתוקף כבר בתחילת הקיץ, אולם עיכובים בפרויקטי התשתית בהם הוא תלוי הביאו לדחייה ואף לשינויים במהות הלוח. למרות המלחמה בלבנון, תכננה הנהלת הרכבת להפעילו כבר ב-2 בספטמבר, אולם הנזקים במוסך הרכבת בחיפה מפגיעת הרקטה הקטלנית ב-16 ביולי פגעו ביכולת התחזוקה של הציוד הנייד ואילצו את הרכבת לדחות את הפעלת לוח הזמנים לאמצע חודש אוקטובר.
כריכת חוברת הכיס של לוח הזמנים החדש של רכבת ישראל , 'סתיו 2006'
לאחר שנקבע כי לוח הזמנים החדש יופעל ב-14 באוקטובר, ואף הודפסו חוברות הכיס עם תאריך זה, החלו עובדי הרכבת בעיצומים שהתרכזו בדחיית הפעלת לוח הזמנים. העובדים מוחים על הכוונה המתגבשת להפריד את פעילות חטיבת המטענים של רכבת ישראל מהחברה האם, ואף להפריטה.
הגורמים שאפשרו את הפעלת לוח הזמנים החדש הם השלמת המסילה השלישית בקו האיילון והרחבת התחנות לאורכו, הפעלת התחנה החדשה כפר סבא מרכז והכפלת הקו בינה לבין תחנת פתח תקווה-סגולה ושיפור מצב צי הציוד הנייד לנוסעים של רכבת ישראל. זה התרחב בשנתיים האחרונות ב-9 מערכי קרונועים מדגם IC3 שנרכשו משומשים משוודיה, קטרים חדשים מדגם JT42BW עד למספר 772 ו-54 קרונות קומתיים חדשים מתוצרת Bombardier שכניסתם לשירות הושלמה לאחרונה. למרות דחיית הפעלת לוח הזמנים, הופעלו רכיבי התשתית החדשים במועד שנקבע תוך שימוש בלוח הזמנים הקיים, אם כי פתיחת תחנת כפר סבא החדשה התעכבה מעט בגלל בעיות מנהליות.
בניגוד להבטחות הנהלת רכבת ישראל מהשנה שעברה, שירות הנוסעים מנתב"ג דרומה (דרך קשת חדשה המקשרת את קו נתב"ג-מודיעין לקו ראש העין-לוד) לא התחיל בתחילת השנה ולא יופעל גם בלוח הזמנים החדש, זאת בגלל עיכוב בעבודות התשתית. גם העבודות שכן הושלמו לקראת הלוח החדש הגיעו למצב זה באיחור ניכר ביחס לתוכניות, ובולטת במיוחד בהקשר זה תחנת כפר סבא מרכז החדשה, שעמדה במצב כמעט מושלם במשך כשנה ללא חיבור מסילתי, זאת בשל עיכוב בעבודות של החברה הלאומית לדרכים ('מע"צ') שהיתה אחראית על הקמת התוואי בין התחנה החדשה לתחנת הוד השרון הקיימת.
מרבית הפגיעות בצי הנייד בשנה וחצי האחרונות לא מנעו את יישום תוכניות הרכבת לגבי לוח הזמנים החדש. אלו כללו, בשלוש התאונות הגדולות (רבדים, אחוזם ובית יהושע), שני קטרים גרוטים מדגם JT42BW (מספרים 739 ו-741), מערך קרונועי IC3 מספר 31 שנהרס לחלוטין בתאונת רבדים ומספר קרונות 'מו-דו' ספרדיים שניזוקו קשה בתאונות אחוזם ובית יהושע, מתוכם לפחות שניים ללא תקנה. עם זאת, הנזקים לשלושה מערכי קרונועים בגלל פגיעות הרקטות במוסך הרכבת בחיפה בזמן המלחמה אילצו ביצוע שינויים ברגע האחרון בתכנון השימוש בציוד הנייד בלוח החדש.
בעקבות תאונת בית יהושע, הורה משרד התחבורה להאיט את מהירות נסיעת הרכבות בקטעים רבים מ-140/150 קמ"ש לכ-120 קמ"ש ומטה. ההחלטה התקבלה לאחר הכנת לוח הזמנים ולמרות שנטען שהיא זמנית ונסיונית, היא ממשיכה להיות בתוקף בקטעים מסוימים בהם יש מפגשי כביש-מסילה ראשיים רבים, ועשויה להשפיע לרעה גם על תפעול הרכבות לפי לוח הזמנים החדש.
השינויים העיקריים בלוח הזמנים החדש, שיפורטו להלן בהרחבה, הם בשירות לכפר סבא ובתבנית השירות בקו החוף בימי שישי. בנוסף ישנו מגוון רחב של שינויים ושיפורים קטנים ברחבי המערכת, מטעמים תפעוליים, משיקולים מסחריים ואף לפי בקשות הנוסעים. השינוי המהפכני בשירות לכפר סבא ולירושלים גרם לזינוק במספר רכבות הנוסעים המופעלות בימי חול מ-291 בלוח הזמנים היוצא (לפני תחילת הלחימה בצפון) ל-336 בלוח החדש. גם בימי שישי נוצר זינוק דומה, בזכות הפרדת השירות הפרברי מהבין-עירוני.
לוח הזמנים החדש כולל תחנה חדשה אחת והיא תחנת כפר סבא (שהייתה ידוע עד לאחרונה כ-'תחנת כפר סבא מרכז'). התחנה ממוקמת בסמוך לרחוב סוקולוב בכפר סבא (ועל שמו נקראה בעת תכנונה) ובדומה לתחנה השכנה לה, שתקרא מעתה תחנת הוד השרון, גם היא ממוקמת בין מסלולי כביש 531 שנמצא בבנייה. התחנה החדשה מקושרת לתחנת הוד השרון באמצעות קו כפול חדש שאורכו כ-1.2 ק"מ בלבד, אותו אמורות הרכבות לעבור בפחות משתי דקות.
הכפלת קו הרכבת הקיים בין תחנת תל אביב מרכז לתחנת הוד השרון לא הושלמה עדיין, אולם לוח הזמנים החדש יהנה מהקטע המוכפל שבין תחנת כפר סבא מרכז לתחנת פתח תקווה סגולה (כולל תחנת הוד השרון והתחנה התפעולית המורחבת ראש העין צפון). שיפור זה יאפשר, בין היתר, הפעלת שלוש רכבות בכל כיוון בכל שעת שיא בקו זה, שמשמעותה שדרוג של ממש לשירות.
שינוי נוסף שנגרר מהגדלת קיבולת הקווים הוא הפרדת השירות בין תל אביב לירושלים מהשירות בין תל אביב לכפר סבא, באמצעות פיצול כל אחת מנסיעות הרכבת הקיימות בלוח הזמנים הקודם לשתי נסיעות שונות - בין תחנת ירושלים מלחה לתחנת תל אביב מרכז ובין תחנת כפר סבא מרכז לתחנת תל אביב ההגנה. הפיצול מגדיל משמעותית את כמות הרכבות שאמורות לעבור מדי שעה בקו האיילון, אולם מבטל את התלות בין שני מקטעי השירות, שגרמה לבעיות נגררות רבות בגלל איחורים חוזרים ונשנים בשירות לירושלים.
בנוסף לרכבת שהיתה בעבר חלק מהשירות לירושלים, שתופעל בזמנים לדומים לאלו שהיו בלוח הזמנים הקודם בקטע זה, תופעל מדי שעת שיא רכבת נוספת באותו קטע וכן, לאורך כל היום, רכבת מדי שעה בין כפר סבא לתחנת הראשונים, גם כן בזמני דומים לאלו שבלוח הזמנים הבודד.
זמני הנסיעה בשירות המשודרג דומים לאלו שהיו עד כה באותו קטע (הוד השרון-תל אביב ההגנה), בהבדלים הבאים: זמן הנסיעה של הרכבות שנסעו בעבר עד ירושלים קוצר מ-35 ל-32 דקות ובכיוון ההפוך (מתל אביב לכפר סבא) מ-34 ל-31 דקות ועבור רכבות מכפר סבא לראשונים זמן הנסיעה של קטע זה מתארך מ-33 ל-34 דקות אבל בכיוון ההפוך מתקצר מ-34 ל-33 דקות. הרכבות שנוספו בלוח הזמנים החדש אמורות לעבור קטע זה ב-33 לכיוון דרום ו-30 דקות בלבד לכיוון צפון.
בתכנון לוח הזמנים החדש עבור שירות זה, הצליחה הרכבת להמשיך במגמה של השנים האחרונות, לשמור על תבנית חוזרת של שעות הנסיעה, מאפיין שנחשב כרכיב חיוני בלוח זמנים מוצלח בשירות פרברי. במקביל, הושג פיזור אחיד יחסית של שעות הנסיעה, כך שבשעות השיא לא צריך הנוסע להמתין יותר מ-24 דקות לרכבת, ובדרך כלל לא יותר מ-20 דקות. להלן מובא פירוט תבנית השירות בימי חול בשירות לכפר סבא:
בזכות הגדלת קיבולת הקווים גם תוקן עיוות שהיה קיים בלוח הזמנים הקודם, כשבשעות השיא של הבוקר לא עצרו בתחנות בני ברק ופתח תקווה-סגולה רכבות לכיוון כפר סבא בין השעות 07:03 ל-08:03, למרות שרכבת אחת מירושלים עברה בהן. עתה עוצרת בתחנות אלו גם הרכבת מתל אביב שפוצלה מהשירות הירושלמי וגם הרכבת השלישית שהוספה בקטע זה בשעות השיא.
בימי שישי נשמר אופי השירות בין כפר סבא לתחנת הראשונים, עם רכבת בודדת מדי שעה בקו שירות זה, אם כי בשעות יציאה שונות: דרומה ב-XX:16 (הקדמה של 7 דקות בתחנת הוד השרון ביחס למצב בלוח הקודם) וצפונה ב-XX:42 במקום ב-XX:35. גם במוצאי שבת השינוי הוא של דקות בודדות בלבד בשעות היציאה של הרכבת הבודדת לכל כיוון.
השינוי במתווה השירות גרר גם שינוי במספור התפעולי של הרכבות. עד כה מוספרו הרכבות בין כפר סבא לירושלים בסדרה 5XX וכל שאר הרכבות בין כפר סבא לתחנת הראשונים בסדרה 6XX. עתה ממוספרות כל הרכבות מכפר סבא ואליה בסדרה 6XX, (לא בהכרח אותם מספרים שנשאו בלוח הזמנים הקודם, במידה והיו קיימות בו), הרכבות בין תל אביב לירושלים שומרות על מספריהן בסדרה 5XX ואילו הרכבות בשירות המעבורת בין תחנת לוד לתחנת הראשונים מקבלות מספרים בסדרה 7XX, שימוש ראשון בעידן הנוכחי של רכבת ישראל בסדרת מספרים זו לרכבות נוסעים.
השינוי הגדול הנוסף בלוח הזמנים בחדש נוגע ללוחות הזמנים של סופי השבוע. רכבת ישראל ממשיכה במגמה שהחלה לפני כמה שנים, לשוות ללוחות הזמנים של ימי שישי ומוצאי שבת נופך דומה לזה המוצע לקהל הנוסעים בקו החוף (בין חיפה לתל-אביב) במהלך ימי החול, כלומר הפרדה בין השירות ה-'בין עירוני' לשירות ה-'פרברי'.
בלוח הזמנים החדש, מרבית הרכבות בין חיפה לתל אביב מופעלות כרכבות 'מהירות', כלומר עם עצירות ביניים בתחנות בנימינה (כולן) ועתלית (חלקן) בלבד, ובמקביל לרובן מופעלות רכבות פרבריות אל ומרחובות או אשקלון, עם קשר בתחנת בנימינה. לשלוש מהרכבות המהירות, שתיים לכיון דרום ואחת לכיוון צפון, אין קישור מיידי לרכבת פרברית, למרות שאינן עוצרות בתחנות הביניים בקו החוף. שלוש מהרכבות דרומה ושתיים מהרכבות צפונה מופעלות כרכבות מאספות בקטע זה, ללא רכבות פרבריות מקבילות.
כמות הרכבות הבין-עירוניות בקו זה גדלה מעט, באמצעות תוספת של שתי רכבות דרומה ואחת צפונה, שמופעלות אל ומחיפה. עם זאת, הרכבת האחרונה צפונה בשעון הקיץ תסתיים בתחנת קרית מוצקין במקום בתחנת נהריה ושעת היציאה של רכבת הבוקר הראשונה (בניגוד לרכבות לילה) מנהריה מתאחר בכמעט 20 דקות, בגלל שינוי תבנית שעות היציאה ל-XX:23 (ממשיכה לבאר שבע) ו-XX:53 במקום XX:06 ו-XX:36. השינויים הללו גוררים גם שינויים בשעות הנסיעה של מרבית הרכבות האחרות, למעט בקו השירות אל ומירושלים. חלק מהשינויים האלו עשויים להתפס כשליליים, כגון איחור במועד הגעת הרכבת הראשונה לתחנת אשקלון - הרכבת הראשונה אליה, שהגיעה בלוח הזמנים הקודם בשעה 07:33, בוטלה, אולם כפיצוי, הרכבת הבאה, 6241 שהגעתה הוקדמה ב-4 דקות בלבד לשעה 08:12, תתחיל כרכבת מאספת מחיפה במקום מתל אביב בלוח הזמנים הקודם.
גם השירות במוצאי שבת מתחיל לעבור מהפך דומה, והוא יכלול בלוח הזמנים החדש שלוש רכבות פרבריות בקו החוף אל ומבנימינה, מתוכן שתיים ממשיכות לאשקלון ואחת לנתב"ג (זוהי הפעם הראשונה שמופעלת רכבת פרברית לתחנת נתב"ג). שתי הרכבות המאוחרות מתוכן מקושרות גם לרכבות מהירות אל ומנהריה. שאר הרכבות בין חיפה לתל אביב הן רכבות מאספות למעט הראשונה, שתצא מתחנת חיפה חוף הכרמל לבאר שבע עם עצירות ביניים בתל אביב (ללא תחנת תל אביב האוניברסיטה), לוד וקרית גת בלבד. מעט לפני רכבת זו תופעל מבנימינה דרומה הרכבת הפרברית הראשונה של השבת, שתאפשר לנוסעים מתחנות הביניים לעבור לרכבת הישירה ולהמשיך לבאר שבע ולדימונה (באמצעות הקדמת הרכבת הראשונה לדימונה).
הרכבת הישירה דרומה באה במקום רכבת בתזמון דומה שהופעלה בלוח הזמנים הקודם בין תחנת חיפה חוף הכרמל לתחנת ירושלים מלחה. בלוח החדש הוקדמה מאוד הרכבת ה-'רגילה' היחידה שעולה לירושלים במוצאי שבת, ובמקום להתחיל בתל אביב היא תתחיל בתחנת חיפה חוף הכרמל (שוב, ללא תחנות אחרות בחיפה וללא רכבת מקשרת מהן, בדומה למצב בלוח הקודם) ותופעל כרכבת מאספת לירושלים.
בניגוד למצב בלוח הזמנים הקודם, תופעל בלוח הזמנים החדש רכבת ישירה אחת גם לכיוון צפון, הרכבת הראשונה לכיוון צפון במוצ"ש, שתצא מתל-אביב לכיוון נהריה. בסך הכל ישרתו את נהריה בלוח הזמנים החדש חמש רכבות אל ומתל אביב בכל כיוון, לעומת שלוש בלבד בכיוון דרום בלוח הזמנים הקודם. גם לכיוון צפון נוספו רכבות בין-עירוניות בקו החוף, שלוש רכבות מאספות, שיופעלו עד לחיפה בלבד.
כתוספת לשיפור השירות לנהריה, תתחיל בין התאריכים 7 באוקטובר השנה ל-24 בפברואר ב-2007 רכבת 7021 את נסיעותיה בנהריה במקום בתחנת קרית מוצקין. תחימת התקופה החריגה הזו של הפעלת מקטע נסיעה של רכבת נובעת מהשינויים במועדי צאת השבת לאורך החורף, שמאפשרים את שיפור השרות המבוקש בנהריה רק באותו פרק זמן.
לעומת המהפכה בקו השירות שבין תל אביב לכפר סבא, אין שינויים רבים בשירות בין תל אביב לירושלים, למעט תוספת של רכבות אחרונות מאוחרות יותר. מתל אביב לבית שמש, נוספה רכבת 631 שמתחילה בכפר סבא (21:06) וממשיכה לבית שמש לאחר עצירה בתחנות תל אביב (תל אביב מרכז - 21:35). בלוח הזמנים החדש זו תהיה הרכבת היחידה שפועלת באותה נסיעה בשני קווי השירות המאוחדים לשעבר, אולם היא החלה לפעול עוד לפני השינוי, כבר בתחילת יולי השנה, בעקבות דרישה של נוסעים קבועים בקו.
גם בכיוון ההפוך נוספה ביולי רכבת אחרונה מאוחרת יותר, רכבת 556, שיוצאת מתחנת ירושלים מלחה ב-22:20 אולם מופעלת עד תחנת לוד בלבד. הבחירה בלוד כיעד הסופי ברורה בגלל מיקום מתקן התחזוקה הגדול בה, אולם מבחינה מסחרית היא נראית בעייתית, שכן בשעת ההגעה המתוכננת, 23:21, אין כבר רכבות נוספות שמגיעות לתחנה מלבד רכבת פרברית לרחובות שמגיעה באותה השעה. כך, נוסעים ליליים מירושלים ימצאו עצמם ללא רכבות להמשך נסיעתם עד למחרת בבוקר, וייאלצו להסתמך על תחבורה פרטית ועל מוניות.
בנוסף למספר רכבות חדשות מעבר לאלו שהוזכרו כבר, נוספו בלוח הזמנים החדש למספר רכבות מקטעי נסיעה חדשים, בהתחלת הנסיעה הקיימת או בסופה, ולאחרות נוספו עצירות ביניים חדשות, כל זאת כמענה לדרישות הנוסעים ובחלק מהמקרים כהשלמת פערים בלוח הזמנים שלא ניתן היה למלאם עד כה. השינויים שיפורטו להלן נוגעים כולם לרכבות בימי חול (א'-ה'), למעט אם נאמר אחרת.
בהיבט נוסף של שיפורים כהיענות לדרישות הנוסעים, נוספו רכבות אחרונות מאוחרות יותר בחלק מהקווים. אלו שבקו לבית שמש ולירושלים הוזכרו כבר לעיל, ובנוסף אליהן נוספה רכבת אחרונה מאוחרת יותר מנהריה (22:08 במקום 21:08) ורכבת מאוחרת יותר מנתב"ג (00:53), דרך תל אביב, לתחנת חיפה חוף הכרמל. רכבת זו מופעלת למעשה כאחת מרכבות הלילה שיוצאת מנתב"ג מבחינת מתווה העצירה שלה בתחנות הביניים. תוספת הרכבת המאוחרת מנהריה יכולה להיחשב כתיקון עוול, שכן בעבר כבר הופעלה רכבת בשעות דומות, אולם הופסקה בשל מיעוט הנוסעים בה. בסיבוב הנוכחי, שופר ההיצע לנוסעים, שכן הרכבת המחודשת תמשיך עד לתל אביב ולנתב"ג, ולא תסתיים בחיפה.
תחנות ביניים שזכו לעצירות נוספות של רכבות בהן בימי חול, מלבד אלו שהוזכרו כבר בכתבה, הן יבנה, בה תעצור מעתה בשעה 08:14 גם רכבת 237 (בנימינה 06:56-אשקלון) ובנימינה, בה תעצור הרכבת היחידה שמתחילה בימי חול ברחובות וממשיכה עד חיפה, רכבת 228 שיוצאת ב-19:16. במתכונתה הקודמת, עצרה רכבת זו ממילא במרבית התחנות הפרבריות האחרות בקו החוף, וכתוצאה מהוספת העצירה מתאחר זמן הגעתה של הרכבת לחיפה בכ-3 דקות.
בניגוד להחלפת לוח הזמנים הקודמת, בלוח הזמנים החדש אין תוספות רבות למשכי הנסיעה המתוכננים של רכבות. תוספות כאלו, ללא שינוי מתוכנת השירות של הרכבת, מכונות לעיתים 'ריפוד' ונועדו לשקף ביתר דיוק את זמני הנסיעה המעשיים של הרכבות כדי לשפר את סטטיסטיקות העמידה בזמנים.
בחלק מהמקרים מוקדמת שעת היציאה של הרכבת מתחנת המוצא שלה, כמו ברכבות פרבריות 242 ו-204 מאשקלון צפונה, שלשמשכי נסיעתן נוספו 2-3 דקות בקטע שעד רחובות, ולכן הן תצאנה מוקדם יותר, ב-06:23 וב-06:46 בהתאמה ורכבת 6033 בימי שישי שתצא מתחנת לב המפרץ דקה מוקדם יותר, ב-4:49, כדי להגיע לתחנת נתב"ג באותה השעה כמו בלוח הזמנים הקודם. במקרים אחרים מתאחרים זמני ההגעה לתחנה לתחנות האחרונות, כמו ברכבת 168 (נתב"ג 14:00-נהריה) שנסיעתה תתארך בדקה בודדת, אולם רק בקטע שמחיפה צפונה, ורכבת 1103 בימי א' בלבד (נהריה 06:33 - באר שבע מרכז), שזמני הגעתה לשלוש התחנות האחרונות שונו כדי לשקף את העומסים המובילים לאיחורים.
למען השלמות, נציין גם שרכבת 196 (נתב"ג 22:51-קרית מוצקין) דווקא תקדים להגיע ליעדה בכ-3 דקות, למרות שהיא נשארת רכבת מאספת ולא מתוכנן שינוי בציוד הנייד שלה, שכולל קרונות גרורי קטר. מדובר ברכבת שרק לאחרונה (מאי 2006) הוארכה נסיעתה עד לקרית מוצקין, במקום להסתיים בתחנת לב המפרץ.
לוח הזמנים החדש יוצר בימי שישי תופעה חריגה יחסית בשירות הסדיר בארץ, של עקיפת רכבות באותו קו שירות. רכבות 6161 (נהריה 05:23 - באר שבע מרכז) ו-6141 (נהריה 05:53 - נתב"ג) תופעלנה כרכבות מהירות בין חיפה לתל אביב. שתיהן תעבורנה בחיפה דקות ספורות לאחר יציאת רכבות מאספות (6241 ו-6243 בהתאמה) למרכז, שתעצורנה בכל תחנות הביניים בדרך. בשני המקרים תתעכבנה הרכבות המאספות 11 דקות בתחנת בנימינה, ותאפשרנה בכך לרכבות המהירות לעקוף אותן ולהגיע זמן ניכר לפניהן לתחנת תל אביב. סידור טבלת לוח הזמנים הותאם כדי לרמוז לנוסעים על עדיפות הנסיעה ברכבות המהירות, ויש לקוות שהכריזה בתחנות המתאימות תשקף את החריגה גם היא, באופן שימנע עוגמת נופש מנוסעים לא מנוסים.
כאמור, מאז פרסום לוח הזמנים הקודם, גדלה משמעותית מצבת הציוד הנייד לנוסעים ברכבת ישראל בזכות השלמת מסירת מערכי הקרונועים מדגם IC3 שנרכשו משומשים משוודיה, החזרת מערך 21 לשירות אחרי תאונת רבדים והכנסה לשירות של מערכי קרונות קומתיים וקטרים נוספים, ביחד עם הוספת קרון חמישי למרבית המערכים מסוג זה. השינויים האלו השתקפו באופן הדרגתי בשינויים בתפעול הציוד הנייד במסגרת לוח הזמנים הקודם ואיפשרו את הוצאתם מהשירות של כל קרונות ה-'אל-חלד' הצרפתיים (מספרים 91-98) ושל מספר קרונות גרורי-קטר ישנים נוספים.
למרות הנזק שפורט לעיל לציוד נייד אחר, מגמה זו מתוכננת להימשך, ותבוא במקביל להתמעטות בשימוש בציוד הנייד הישן יותר. לפי התכנון, בלוח הזמנים החדש יופעלו רק ארבעה מערכי קרונות גרורי קטר בימי א' ושלושה מערכים בימי חול (לעומת 6 ו-5 בהתאמה בלוח הזמנים הקודם). אלו ימשיכו להיות מופעלים בקו השירות בין נהריה לנתב"ג בלבד, עם הופעות בודדות בבאר שבע בימי א' בלבד.
בגלל איבוד מספר קרונות בתאונת בית יהושע, קרונות ה-'מו-דו' הספרדיים יופיע כשלושה מערכים בלבד מדי יום חול (א'-ה'), במקום כארבעה מערכים עד לפני התאונה. הופעותיהם הבודדות בשירות לבאר שבע בלוח הזמנים הקודם יופסקו, והם יופעלו בלעדית בקו השירות נהריה-חיפה-נתב"ג. השימוש בהם יופסק כליל בסופי השבוע, כדי שהרכבת תוכל להציע שירות לנוסעים המרותקים לכסאות גלגלים בכל הרכבות בימים ו' ומוצ"ש.
בשימוש בקרונועים לא תוכנן שינוי גדול, אולם נזקי המלחמה אילצו את הרכבת לצמצם מעט את השימוש בהם, וארבע רכבות בקו השירות לבאר שבע שהיו אמורות להיות מופעלות באמצעותן יופעלו במקום זאת באמצעות מערכי קומתיים. לעומת זאת, בוטלה היעלמותם המוחלטת מקו השירות לכפר סבא ובימי חול יופעלו בו שני זוגות של מערכים לאורך היום. בלוח הזמנים החדש תוכנן להשתמש ב-39-40 מערכים מדי יום חול, אולם חיסור שלושת המערכים שבתיקון הוביל לדרישת זמינות של 36 מערכים בלבד, לעומת 37 בלוח הזמנים הקודם.
מערכי קרונות הקומתיים החדשים שנכנסו לשירות, ביחד עם הקטרים מדגם JT42BW שמלווים אותם, הביאו לזינוק של ממש בשימוש בקרונות אלו בלוח הזמנים החדש. לפי התכנון, יופעלו מדי יום חול 27 מערכים, לעומת 21 בלבד בלוח הזמנים הקודם (לפני הנזקים לקרונועים, תוכנן להשתמש ב-26 מערכים בימי חול). אופי השירות שיספקו לא משתנה משמעותי, ויתבסס בעיקר על רבו הרכבת בשירות לכפר סבא וכל הרכבות בשירות הפרברי של איזור המרכז, בנוסף להופעות מזדמנות בכל יתר קווי השירות, למעט בין בית שמש לירושלים ובין באר שבע לדימונה.
חוברת לוח הזמנים החדש תפחה במימדיה החיצוניים למימדים של כ-18.5X10 ס"מ, לעומת כ-14.8X10 ס"מ של חוברת לוח הזמנים הקודם. מימדי החוברת החדשה דומים לחוברת שהופקה עבור לוח הזמנים 'קיץ 2005', אם כי החוברת החדשה מעט רחבה יותר. עם מידות כאלה, ניתן להניח שהחוברת החדשה כבר פחות ראוי לכינוי 'חוברת כיס' שכן לא תיבלע במרבית כיסי החולצות והמכנסיים. עם זאת, בזכות השינויים שיפורטו להלן, קטן מספר העמודים בחוברת מ-84 בלוח הזמנים הקודם ל-72 למרות תוספת רכבות רבות ללוח הזמנים עצמו.
מלבד מידותיה, השינוי הבולט ביותר בחוברת החדשה הוא בעימודה, שהפך מסידור לאורך ('Portrait') לסידור לרוחב ('Landscape'). שינוי זה נעשה כדי להתמודד עם שינוי מהותי ועקרוני יותר, והוא חזרה לחלוקת החוברת לפי כיוון הנסיעה בלבד (מצפון לדרום ומדרום לצפון) במקום חלוקה לפי חלקי הארץ (צפון ודרום) שמחולקים כל אחד מהם בתורו לכיווני הנסיעה. החזרה לסידור זה, לאחר חוברת אחת בלבד בסידור המחולק, נבעה מתלונות של נוסעים רבים על הקושי בהתמצאות בסידור המחולק, במיוחד בעת תכנון נסיעות שחוצות את חלק החוברת.
כדי להמנע מגידול משמעותי באורך החוברת בעת הוספת התחנות החדשות (בהווה ובעתיד), סובבו טבלאות לוחות הזמנים ב-90 מעלות כך שראשן מקביל לצד הארוך של החוברת. במקביל סודרה כל שאר החוברת, כולל העטיפה, באופן דומה. בדומה לחוברות הקודמות, גם כאן אין אחידות לאורך החוברת בגודל הגופן וברוחב העמודות בטבלאות לוח הזמנים, למעט בעמודת שמות התחנות.
במפת קווי הנוסעים לא נעשו שינויים רבים, למעט אלו המתבקשים בגלל הוספת תחנת כפר סבא, שינוי מתווה השירות אליה ולירושלים וביטול חלוקת החוברת לאיזורים, שהביא לביטול הצורך בהצללת חלקי המפה בהתאם. התחנה החדשה מוצגת במיקום הגיוני מבחינה גיאוגרפית ביחס לתחנת הוד השרון (שכונתה עד כה תחנת 'כפר סבא-הוד השרון') ופיצול השירות בין כפר סבא לירושלים מיוצג באמצעות הוספת קו שירות חדש, בצבע שונה (ורוד) עבור השירות בין תל אביב לבירה.
מפת קווי הנוסעים של רכבת ישראל כפי שהיא מופיעה בחוברת הכיס של לוח הזמנים 'סתיו 2006'
כמו בפעמים הקודמות, גם הפעם לא נוצלה ההזדמנות לתיקון שגיאת העיצוב הגרפי באיזור שמצפון ללוד במפה. קווי השירות לבאר שבע ולתחנת הראשונים עדיין לא מופיעים כמקבילים לקווי השירות לירושלים ולאשקלון בחלק זה, ובכך יוצרים מראה מבולגן ואף לא מקצועי, שאינו מחויב המציאות, כפי שהראתה הרכבת בעצמה במפה שעל עטיפת החוברת הקודמת. עם זאת, תוקנה שגיאת העיצוב בסימול קו השירות בין כפר סבא לתחנת הראשונים, שגרמה לו להיראות לא רציף מדרום לתל אביב במפת החוברת הקודמת.
כאמור, עטיפת החוברת החדשה מעוצבת בעימוד רוחבי. התמונה ששולטת בעיצוב מציגה מספר נוסעות צעירות בשערי הכרטוס בתחנת רכבת. התמונה טושטשה חלקית כדי ליצור רושם של תנועה, ועל-גביה הולבשו רצפים של ספרות דהויות, שייתכן ואמורות לייצג שעות. תמונת רכבת הקומתיים המוכרת מעטיפת לוח הזמנים הקודם (בין היתר) מופיעה הפעם בגרסה מלאה יותר אבל מוקטנת, כקישוט לסמל רכבת ישראל. העיצוב הגרפי הוא זהה לצד האחורי של החוברת (הצד האנגלי) למעט השינויים המתבקשים בכיתובים.
שינוי פחות בולט אבל משמעותי לא פחות בעטיפת החוברת החדשה הוא במלל המופיע עליה. הביטויים 'לוח זמנים' ו-'Timetable', ששימשו ככותרת במשך שנים רבות, הושמטו לחלוטין, ובמקומם מוצגות הכותרות 'זמן רכבת' ו-'Train Schedule'. נראה כי הראשונה נועדה לשדר מסר שיווקי, והשנייה נועדה כנראה לפנות לקהל האמריקאי, שם נפוץ ביטוי זה לתיאור לוח זמנים רכבתי.
מתחת לכותרת העברית מופיע, בגופן קטן למדי, התיאור 'לוח זמני נסיעות'. גם התיאור וגם פירוט התחולה של הלוח מופיעים על העטיפה העברית בגופן שונה ולא תואם לשאר העטיפה, בניגוד למצב בחוברות הקודמות. תוספת מבורכת לפרטים שעל העטיפה היא כתובת אתר האינטרנט של רכבת ישראל, שמופיעה בשני צידי העטיפה מתחת לשם הלוח ('סתיו 2006'), אולם הכתובת שמופיעה על העטיפה שונה מזו שרשומה בעמודי המידע הכללי - זו שונתה ל-www.rail.co.il במקום www.israrail.org.il שמופיעה על העטיפה ו-www.rail.org.il שרשומה בחוברת הקודמת. באופן מעשי, הכתובת ה-'חדשה' מובילה לאתר אחר, שהוא פורטל של רכבת ישראל לשלושת אתריה השונים.
החוברות החדשות הודפסו לאחר שהוחלט על דחיית הפעלת לוח הזמנים החדש ל-14 באוקטובר, אולם לפני שעובדי הרכבת החליטו על עיכוב נוסף, ולכן ניתן להבין את התאריך השגוי לתחילת תחולתו של הלוח שמופיע על החוברת, אולם לא ברור מדוע בתאריך העברי נרשם מספר היום (כ"ב) בשגיאת כתיב בוטה, עם גרש בסופו במקום גרשיים באמצעיתו.
מיקומן היחסי של רכבות 103, 1103 ו-1/405 בטבלת לוח הזמנים שונה כך שהן מסודרות לפי זמני ההגעה לתחנות היעד העיקריות במקום לפי זמני היציאה. החלפת מיקום דומה בוצעה בין רכבות 107 ו-1107 ובין רכבות 46 ו-1046. שינויים אלו עשויים להקל על הנוסעים להעריך את התאמת הרכבות השונות לצרכיהם. לעומת זאת, ברורה פחות הסיבה להחלפת המיקום בטבלה של רכבות פרבריות 421 ו-255, שאינן קשורות זו לזו למרות צמידותן בטבלה, אולם מקושרות שתיהן לרכבות נוספות, וכן באופן דומה של רכבות פרבריות 236 ו-404.
סימול רכבות פרבריות 203, 205 ו-412 תוקן כך שישקף את העובדה שהן מופעלות רק בימים ב'-ה', שכן בימי א' נסיעותיהן משולבות בנסיעות בין-עירוניות מיוחדות.
