במהלך עבודות שדרוג קו הרכבת הישן לירושלים נפגעו לאורך הקו מספר אתרים היסטוריים הקשורים לשורשיה והתפתחותה של הרכבת בארץ, ורכבת ישראל וקבלניה ספגו ביקורת רב על כך, במיוחד על הריסת מבני התחנה ההיסטוריים בית שמש ובביתר. ביקורת רבה גם הובעה על היחס לאיכות הסביבה של האחראים והמבצעים את הפרויקט, במיוחד באיזור שמורת נחל שורק, בה נמצאת תחנת בר גיורא.
מבנה התחנה המקורי בתחנת בר גיורא, שהוקם ככל הנראה על-ידי רכבת המנדט או הצבא הבריטי לאחר מלחמת העולם הראשונה.
התמונות בעמוד זה צולמו על-ידי אמיר פניני ב-25 באפריל 2003
כפי שמדווח אמיר פניני, מבנה התחנה הבריטי השוכן בתחנה זו עומד עדיין על כנו, אם כי כל כניסותיו חסומות בקירות לבנים. בתחנה נשמרו גם מגדל המים, מתקן האיתות ובית מנהל התחנה המקוריים, במקביל להקמת מבנה שליטה ובקרה תקני של רכבת ישראל.
שמורת נחל שורק באיזור תחנת בר גיורא. משמאל
נראה מבנה השליטה והבקרה התקני שמוקם בתחנה על-ידי רכבת ישראל וברקע נראה מבנה
התחנה המקורי.
עד קום המדינה כונתה התחנה בשם דיר אלשיח'.
מבנה השליטה והבקרה דרוש לתפקודה המתוכנן של התחנה כתחנה תפעולית במסגרת הקו בין בית שמש לירושלים, והוא נבנה למרות אי-הודאות שהובעה בעיתונות לגבי עתיד פרויקט השדרוג.